El pasado histórico del ex convento y templo se remonta a las dos primeras décadas del siglo XVII, a partir de la fundación del pueblo de San Martín Tlauzinteco -ahora Texmelucan- y de la necesidad de atención religiosa que tuvieron los primeros pobladores españoles. Tal fundación se realizó con motivo de las congregaciones de indios promovidas por don Gaspar de Zúñiga y Acevedo, Conde de Monterrey y Virrey de la Nueva España, conforme al mandato del rey.
Los dieguinos llegaron a San Martín en el año de 1615. En realidad habían 
conseguido licencia para fundar su convento en el pueblo de San Salvador, pero la insistencia de los nativos de San Martín fue tan persistente que correspondió a don Diego Fernández de Córdoba, Marqués de Guadalcázar y Virrey de la Nueva España y a don Alonso de la Mota, obispo de Puebla, elaborar los decretos para que la fundación se cambiara.
Así, los dieguinos levantaron su convento a orillas del Camino Real México-Veracruz; poco después erigieron una ermita dedicada a Santa María Magdalena, esto a petición de fray Juan de Jesús, ministro provincial, quien era muy devoto de la ejemplar y soberana penitente. De esta manera, los habitantes del pueblo serían atendidos ordinariamente.
El 2 de abril de 1861 el gobernador del estado de Puebla, general Miguel Cástulo de Alatriste, hizo concesión del templo de los franciscanos y su local anexo en favor del ayuntamiento de Texmelucan, destinándolo al culto y a obras de beneficencia. Por su parte el emperador Maximiliano de Habsburgo, ratificó la concesión el 2 de octubre de 1865. Las autoridades municipales ocuparon la huerta y los claustros en los que en 1880 instalaron escuelas de instrucción primaria. Las antiguas celdas de los frailes se convirtieron en aulas de la escuela de niños varones Miguel Gugurrón, mientras que otras habitaciones y parte de la huerta se destinaron como salones de la escuela de niñas Margarita Maza. Actualmente, los claustros están ocupados por el hospital de la Cruz Roja, en tanto que la escuela de mujeres, ahora mixta, se llama Eufrosina Camacho Vda. de Ávila.
El 30 de octubre de 1933 el gobierno federal declaró Monumento Nacional el templo de Santa María Magdalena. El conjunto arquitectónico fue remodelado durante 1953 y 1954, entonces se puso al descubierto la cantera gris y se colocaron los bellos mosaicos de talavera poblana que hoy lucen sobre la nave. Posteriormente, y ante el crecimiento demográfico de la ciudad, la parroquia de San Martín y el templo de Santa María Magdalena se dividieron la atención de la feligresía local. Así, el 16 de diciembre de 1982 se creó la nueva parroquia, atendida por franciscanos.
Por último, en torno al convento y al templo ha surgido una interesante leyenda transmitida de manera oral entre los texmeluquenses. Se dice que a partir de estas construcciones, la ciudad quedó conectada por una serie de túneles que servían para que los famosos Bandidos de Río Frío huyeran de las autoridades después de cometer sus fechorías. Sin embargo, entre lo mítico y lo real queda la demostración, y hasta el momento nadie sabe a 
ciencia cierta la ubicación de los supuestos pasadizos.
